Die IKSE erarbeitet Empfehlungen für die Vertragsparteien. Die Delegationen in der IKSE und ihren Arbeitsgruppen setzen sich aus Delegierten von Bundes- und Landesbehörden sowie wissenschaftlichen Institutionen Deutschlands, der Tschechischen Republik, Polens, Österreichs und der EU zusammen. Außerdem nehmen Vertreter von Nichtregierungsorganisationen an der Arbeit teil.

Die Tagung (Vollversammlung) und die Beratung der Delegationsleiter der Vertragsparteien und der Vorsitzenden der Arbeitsgruppen finden einmal jährlich, die Beratungen der Arbeitsgruppen sowie der Unter-arbeits- und Expertengruppen ca. zwei- bis dreimal jährlich statt.

Kommissionssprachen sind Deutsch und Tschechisch.

Das Sekretariat der IKSE mit acht Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern unterstützt die Arbeit der Kommission und ihrer Arbeitsgruppen fachlich, sprachlich und organisatorisch-technisch. Es hat seinen Sitz in Magdeburg.