Die an den Messsstellen Valy, Lysá nad Labem, Obřístvi und Děčín entnommenen Einzel- und Wochenmischproben werden im Labor von Povodí Labe, s. p. in Hradec Králové in Zusammenarbeit mit Forschungsinstitut für Wasserwirtschaft TGM (VÚV TGM) in Prag analysiert.

Die Proben von der Messstelle Zelčín/Moldau untersucht das Labor von Povodí Vltavy, s. p. in Prag in Zusammenarbeit mit Forschungsinstitut für Wasserwirtschaft TGM (VÚV TGM) in Prag.

Die Staatliche Umweltbetriebsgesellschaft (UBG) in Radebeul untersucht die Proben von der Messstelle Schmilka/Hřensko.

Die Proben von den Messstellen Magdeburg, Rosenburg/Saale und Dessau/Mulde werden von den Laboren des Landesbetriebs für Hochwasserschutz und Wasserwirtschaft (LHW) Sachsen-Anhalt in Magdeburg und Lutherstadt Wittenberg untersucht.

Die Laboruntersuchungen der Proben von der Messstelle Schnackenburg führt Niedersächsischer Landesbetrieb für Wasserwirtschaft, Küstenschutz und Naturschutz, Betriebsstelle (NLWKN) Lüneburg und Hildesheim durch.

Die Behörde für Wissenschaft und Gesundheit, Institut für Hygiene und Umwelt Hamburg (BWG-HH) ist für die Analyse von Proben zuständig, die an den Messstellen Zollenspieker-Bunthaus und Seemannshöft entnommen wurden.