Im unteren Abschnitt der Mittleren Elbe befindet sich am linken Ufer an der ehemals deutsch-deutschen Grenze die Messstation Schnackenburg (km 474,5), die ihre Meßdaten an die Landeszentrale, das Niedersächsische Landesamt für Ökologie in Hildesheim, übergibt. Die Betreuung der Meßstation wird von der Bezirksregierung Lüneburg wahrgenommen.

An der stromab im Tidebereich gelegenen Messstelle Zollenspieker (km 598,7) wird zur Zeit eine diskontinuierliche Probenahme durchgeführt. Die für das Messprogramm der IKSE benötigte kontinuierliche Messwerterfassung erfolgt nach der Stromspaltung am linken Ufer der Norderelbe durch die Messstation Bunthaus (km 609,6). Unterhalb des Hamburger Hafens folgt dann am selben Ufer im wieder vereinigten Elbestrom die Messstation Seemannshöft (km 628,8), die die Belastungen aus dem Hamburger Ballungsraum erfaßt. Sowohl die Messstellen als auch die beiden Meßstationen werden vom Hamburger Amt für Umweltuntersuchungen betreut, das auch die anfallenden Daten aufbereitet und sammelt.

Im mittleren und unteren Elbeästuar schließen sich die Messstation Grauerort (km 660,5) und Messstation Cuxhaven (km 725,2) an und bilden den Abschluß der Stationskette längs der Elbe. Die Betreuung der beiden untersten Messstationen erfolgt durch die Bezirksregierung Lüneburg - Außenstelle Stade. Die anfallenden Meßdaten werden wiederum nach Hildesheim übertragen und dort weiterverarbeitet.

Neben diesen Messstationen besteht noch eine Station in Berlin, an der Spree / Mühlendammschleuse (km 17,8), die im Rahmen dieses Projekt errichtet wurde. Betreut wird diese Station vom Institut für Umweltanalytik und Humantoxikologie -Itox- im Auftrag der Senatsverwaltung für Stadtentwicklung, Umweltschutz und Technologie.